Bij de Vereniging Nederlandse Scheepsbouw Industrie is de Algemene Ledenvergadering het hoogste orgaan. De Algemene Ledenvergadering komt tweemaal per jaar bijeen en verkiest voor periodes van drie jaar bestuursleden, waarbij de voorzitter op persoonlijke titel wordt benoemd. Het Bestuur is belast met het besturen van de Vereniging.
De dagelijkse leiding op het bureau in Zoetermeer is in handen van de algemeen directeur.

De Vereniging kent vier categorieën:
Categorie I: Zeescheepsnieuwbouw
Categorie II: Zeescheepsreparatie
Categorie III: Kleine Scheepsbouw
Categorie IV: Grote Jachtbouw

Verder kent VNSI diverse commissies en werkgroepen die zich bezighouden met thema’s als innovatie, arbo en milieu, onderwijs, en public relations.

Op internationaal gebied vertegenwoordigt VNSI de belangen van haar leden via CESA (Community of European Shipyards’ Associations). VNSI heeft daarmee toegang tot een breed, internationaal en zeer actief netwerk. Met betrekking tot EU-zaken wordt VNSI ondersteund door een eigen EC-Liaison kantoor in Brussel.